МТЦ СО РАН имеет партнерские соглашения со следующими научными организациями:
- Ecole Normale Supérieure Paris (Франция)
- University of Nottingham (Великобритания)
- Hiroshima University (Япония)
- Leipzig University (Германия)
- Johannes Gutenberg University Mainz (Германия)
- Tata Institute of Fundamental Research, Hyderabad (Индия)
Институт является участником международной кооперации Zero and Ultra-Low Fields NMR, www.zulf.eu
